Las Unidades de Aprendizaje que integran el programa de estudios de la Maestría Interinstitucional en Derechos Humanos, son las siguientes:
1.Genealogía de los Derechos Humanos
2.Sociología de los Derechos Humanos
3.Fundamentos de los Derechos Humanos
4.Alcances del artículo 1 Constitucional: Constitucionalidad Multinivel
5.Relación entre Normas, Jurisprudencia y Criterios Generales de Interpretación y Aplicación
6.Marco Constitucional de Derechos 1: Los Derechos de Fuente Constitucional
7.Marco Constitucional de Derechos 2: Los Derechos de Fuente Convencional
8.Marco Constitucional de Derechos 3: Los Derechos en la Jurisprudencia Nacional e Internacional
9.Criterios Orientadores y Soft Law
10.El Sistema Nacional no Jurisdiccional de Protección de Derechos Humanos: Origen y Evolución
11.El Sistema Nacional Jurisdiccional de Protección de Derechos Humanos: Órganos, Relaciones y Funcionalidad respecto del SNJPDH
12.El Sistema Interamericano de Protección de Derechos Humanos: Órganos, Relaciones y Funcionalidad respecto del SJPDH
13.El Sistema Internacional de Protección de Derechos Humanos: Órganos, Relaciones y Funcionalidad
14.Procedimientos Estándar para la Atención de Quejas en los OPDH
15.Taller de Trato con Víctimas y Peticionarios
16.Taller de Trato con la Autoridad
17.Taller de Técnicas para la Investigación de Quejas
18.Taller de Técnicas de Conciliación
19.Taller de Elaboración de Recomendaciones
20.Procedimientos ante el Poder Judicial y la SCJN
21.Procedimientos ante la Justicia Internacional
22.Seminario de Metodología de la Investigación y elaboración de proyectos
23.Seminario de Análisis de problemas regionales de Derechos Humanos
24.Seminario de Políticas Públicas